鯪原種群體的遺傳多樣性評(píng)價(jià).pdf

1、鯪(Cirrhinusmolitorella)，俗稱土鯪、鯪公，屬鯉形目(Cypriniformes)、鯉科(Cyprinidae)、野鯪亞科(Labeoninae)，是我國(guó)南方特有種，兩廣地區(qū)四大家魚(yú)(鳙、草、鰱、鯪)之一。近年來(lái)，過(guò)度捕撈、增殖放流和人工培育苗種的逃逸不可避免地影響了鯪的種質(zhì)。搜集保存鯪野生原種并對(duì)其種質(zhì)特征與遺傳背景進(jìn)行分析是對(duì)其進(jìn)行種質(zhì)保護(hù)的重要措施。廣東省鯪魚(yú)原種場(chǎng)從西江流域肇慶江段采集并保存了一批鯪野生原種，

2、飼養(yǎng)中發(fā)現(xiàn)該批鯪原種存在體色及生長(zhǎng)速率差異。為了解該鯪原種群體的遺傳多樣性水平，評(píng)價(jià)其作為原種的遺傳性能，我們?cè)谟^察其外部形態(tài)特征、測(cè)量其生長(zhǎng)特性的基礎(chǔ)上，對(duì)其進(jìn)行了RAPD分析、AFLP分析、SSR分析及線粒體D-loop區(qū)序列測(cè)定分析，從核基因組分子標(biāo)記層面和母系遺傳層面綜合考察了該批原種的遺傳背景，為西江流域肇慶江段鯪的種質(zhì)資源保護(hù)提供了基礎(chǔ)性資料，將為鯪原種種質(zhì)的利用提供依據(jù)。具體研究成果如下： 1.鯪原種群體的RAPD

3、分析從鯪原種2個(gè)子群體(h、q)中各取24個(gè)個(gè)體共48個(gè)個(gè)體進(jìn)行RAPD分析。20條隨機(jī)引物擴(kuò)增共獲得了179條清晰穩(wěn)定的條帶，其中多態(tài)性條帶82條，多態(tài)位點(diǎn)百分比為45.8％，子群體h與子群體q的多態(tài)位點(diǎn)數(shù)分別為77和66，多態(tài)位點(diǎn)百分比分別為43.02％和36.87％；原種群體內(nèi)遺傳距離為0.1232，遺傳多樣性指數(shù)為0.1281，子群體h與子群體q的遺傳距離分別為0.1151、0.1010，遺傳多樣性指數(shù)分別為0.1248、0.1

4、164。該結(jié)果表明子群體h的遺傳多樣性水平高于子群體q。 2.鯪原種群體與養(yǎng)殖群體的AFLP分析從鯪原種2個(gè)子群體(h、q)中各取29個(gè)個(gè)體，從3個(gè)不同區(qū)域的養(yǎng)殖鯪群體中共取32個(gè)個(gè)體(子群體zs、py、zq)，進(jìn)行AFLP分析。從25對(duì)AFLP引物組合中選取6對(duì)擴(kuò)增條帶豐富、帶型清晰、有差異性條帶的AFLP引物用于進(jìn)一步分析。6對(duì)引物共產(chǎn)生173條擴(kuò)增條帶，其中多態(tài)位點(diǎn)數(shù)為74，多態(tài)位點(diǎn)百分比為42.5％。子群體q、h、zs、

5、py、zq的多態(tài)位點(diǎn)數(shù)分別為61、70、48、35、48，多態(tài)性位點(diǎn)百分比分別為35.11％、40.43％、27.66％、20.21％、27.66％。在擴(kuò)增條帶中，有一條在子群體h中的出現(xiàn)頻率遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其在子群體q中的出現(xiàn)頻率(72.4％＞20.6％)，編號(hào)為E2M4-1。遺傳多樣性分析結(jié)果表明，鯪原種群體遺傳多樣性指數(shù)高于養(yǎng)殖群體(0.1254＞0.1101)：子群體h的遺傳多樣性指數(shù)高于子群體q(0.1367＞0.0998)。

6、 3.鯪原種群體的SSR分析利用4種鯉科魚(yú)類(lèi)的14對(duì)微衛(wèi)星引物對(duì)鯪基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增片段的克隆測(cè)序發(fā)現(xiàn)引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cci1、Bgon22擴(kuò)增出的產(chǎn)物含有微衛(wèi)星序列。進(jìn)一步對(duì)鯪的微衛(wèi)星位點(diǎn)MFW1、MFW2、Cc7重新設(shè)計(jì)引物，將其分別命名為Cm1、Cm2、Cm3，新引物對(duì)鯪的擴(kuò)增特異性增強(qiáng)。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22對(duì)鯪原種群

7、體59個(gè)個(gè)體進(jìn)行遺傳多樣性分析。結(jié)果表明，引物MFW15、Cc11無(wú)多態(tài)性，引物Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22在取樣群體中擴(kuò)增圖譜帶型豐富，隨引物不同，各標(biāo)記在群體中檢測(cè)到的等位基因數(shù)為2-16個(gè)。各微衛(wèi)星座位的期望雜合度(He)與觀察雜合度(Ho)范圍分別為0-0.9038和0-1，平均值分別為0.6881(0.1819sd)和0.7772(0.1931sd)。座位連鎖分析顯示Cm1與Bgon22之間存在顯著性水平連

8、鎖關(guān)系(P＜0.05)。子群體h的觀察雜合度為0.7905，子群體q的觀察雜合度為0.7635，子群體h的遺傳多樣性略高于子群體q。 4.鯪原種群體的D-loop序列分析設(shè)計(jì)了一對(duì)可從鯪總DNA中擴(kuò)增出D-loop片段的引物，獲得了937bp的鯪D-loop全序列。應(yīng)用該對(duì)引物對(duì)鯪原種群體(h11個(gè)樣本，q10個(gè)樣本)進(jìn)行擴(kuò)增，測(cè)序獲得了5'端750bp的有效序列。21個(gè)個(gè)體共檢測(cè)到15種單倍型，29個(gè)變異位點(diǎn)(4％)。遺傳多樣