應用寡核苷酸芯片篩選在RA誘導SH-SY5Y分化過程中差異表達基因.pdf

1、神經(jīng)母細胞瘤是最常見的兒童惡性腫瘤之一，也是最難治療的腫瘤之一，它是一種胚源性腫瘤，起源于神經(jīng)嵴。部分神經(jīng)母細胞瘤可自行退化，使用誘導劑也可以促進神經(jīng)母細胞瘤分化。神經(jīng)母細胞瘤細胞系(SH-SY5Y)是神經(jīng)發(fā)育的良好模型，通過應用轉(zhuǎn)錄組學分析技術(shù)研究這種模型，可以深入了解神經(jīng)元分化過程的分子機制，并為腫瘤的臨床治療提供分子靶標。維甲酸(RA)是一種強誘導分化劑，具有調(diào)控細胞分化和增殖能力，它可以誘導神經(jīng)母細胞瘤分化，使其發(fā)生逆轉(zhuǎn)，這種作

2、用是由于它可以改變細胞的基因表達。應用寡核苷酸芯片研究維甲酸誘導神經(jīng)母細胞瘤分化過程中基因表達的整體變化，對于全面揭示該過程的分子事件及腫瘤的生物學行為具有重要意義。 為了能夠在基因組水平上認識SH-SY5Y在RA誘導分化過程中的基因表達調(diào)控，我們從人胎腦及不同類型神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤組織中分離得到與神經(jīng)功能相關(guān)的基因209條，通過公共數(shù)據(jù)庫Genebank、EMBL等查尋其mRNA序列信息，設(shè)計基因特異寡核苷酸探針，制成神經(jīng)功能相關(guān)的

3、寡核苷酸芯片。用RA誘導SH-SY5Y細胞8天分化成神經(jīng)元，收集實驗組和對照組(未加RA)1-8天的SH-SY5Y細胞的總RNA，應用制備的寡核苷酸芯片篩選誘導分化過程中基因的表達差異，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了13個表達上調(diào)的基因，但未發(fā)現(xiàn)下調(diào)基因。挑選了五個基因Mab2112、protein4.1N、SCG10、PS2、GAS6進行RT-PCR驗證，與芯片結(jié)果基本一致。寡核苷酸芯片分析和RT-PCR之間具有很好的相關(guān)性，這表明我們所構(gòu)建的寡核苷酸芯