基于文獻的生物醫(yī)學知識發(fā)現(xiàn)方法與工具

1、內(nèi)容,Swanson關聯(lián)研究及其工具Arrowsmith 的使用Bitola的使用生物醫(yī)學信息檢索技巧,背景與意義,發(fā)表文獻,研究深入,知識分裂,文獻量,,,,,,一、Swanson 的知識發(fā)現(xiàn)法的背景,Swanson教授認為:(1) 客觀知識的總量與人類吸收知識的能力之間存在著巨大的差距,并且這種差距在不斷地擴大; (2) 在信息爆炸時代,隨著科學技術的越來越專業(yè)化,跨學科的信息傳遞變得更加困難,就會產(chǎn)生知識的分裂,并且隨著

2、知識的持續(xù)增長,這種現(xiàn)象會更加嚴重; (3) 一個專業(yè)領域的信息可能對另一個專業(yè)領域是有價值的,跨學科間一定存在著潛在的未被發(fā)現(xiàn)的關聯(lián)。,非相關文獻的隱含關聯(lián),1985 年Swanson 在一個偶然的機會,發(fā)現(xiàn)2 篇醫(yī)學文獻放在一起,會揭示出一個問題的答案,而這個答案是從單獨一篇文獻得不到的。這預示著在醫(yī)學文獻中存在著大量的未被發(fā)現(xiàn)的隱含的關聯(lián)。例如,A表示一種物質的攝入可能導致一種獨特的生理改變B ,而B又作用于身體的某器官或一種

3、疾病C。如果把兩類文獻放在一起,加以研究就會獲得有用的信息。即A作用于C ,而這種信息是不能根據(jù)單獨一類文獻得到的,稱為AB和BC這兩種文獻是互補的。,非相關文獻的隱含關聯(lián),一個專業(yè)領域的文獻的作者和讀者,一般并不熟知另一專業(yè)領域的文獻,也就是說兩類文獻從沒有或很少被共同引用,并且也不相互引用,我們稱這兩類文獻是相互獨立的,也就是非相關的。這種情況,對兩個不同的醫(yī)學專業(yè)領域是經(jīng)常存在的,因此幾乎沒有人考慮到,把兩類文獻放在一起加以研究

4、,也不會有人注意到A和C之間可能存在的隱含關聯(lián)。,Medline文獻集合,Don R. Swanson的研究,潛在的聯(lián)系,雷諾氏病文獻,食用魚油文獻,,,,血液粘稠度紅細胞脆性,閉合式的知識發(fā)現(xiàn),閉合式知識發(fā)現(xiàn)過程是從A和C出發(fā)，尋找共同的中間詞B。Swanson開發(fā)的網(wǎng)絡應用軟件ARROWSMITH即體現(xiàn)了閉合式挖掘這一思想。在成功預言了鎂缺乏與神經(jīng)系統(tǒng)疾病（1988年）的關系之后，Swanson又利用ARROWSMITH系統(tǒng)

5、成功地預言了消炎痛與阿爾茨海默氏癥（1996年）、雌激素與阿爾茨海默氏癥（1996年）、游離鈣磷脂酶A2與精神分裂癥（1998年）之間的關系，并發(fā)現(xiàn)了可以作為生物武器的潛在病毒（2001年）。,閉合式的知識發(fā)現(xiàn),ARROWSMITH 3.0,http://arrowsmith.psych.uic.edu,,,,,可作為生物武器的潛在病毒,能夠成為生物武器：致病性，傳播性。同時涉及到病毒這兩個特性的文章卻特別少。A：病毒毒力遺傳方面（v

6、irulence- genetic）C：病毒疾病傳播力病毒的昆蟲媒介傳播（insect vectors）空氣傳播（air）在空氣中的穩(wěn)定性（stability of viruses in air）通過與A和C有共同聯(lián)系B找出更多符合條件的病毒。將得到的文獻經(jīng)過一些系列的處理，Arrowsmith列出了三個有意義的B-LIST（病毒的集合），通過進一步的統(tǒng)計學分析和查閱文獻，最終找出相對有意義的病毒（B）,發(fā)現(xiàn)科研機構間潛在的

7、合作方向,利用Arrowsmith程序，發(fā)現(xiàn)美國斯坦福大學和哥倫比亞大學在醫(yī)學信息學研究領域的潛在合作方向嘗試將這種方法運用到尋求發(fā)現(xiàn)科研機構合作與交流的領域中。結果表明，利用Arrowsmith所挖掘的科研合作與交流的內(nèi)容詳細、明確，能體現(xiàn)出研究所使用的具體方法和側重點，能更好地體現(xiàn)出兩個機構研究內(nèi)容的相似點（可以合作之處）和不同點（可以相互交流、學習之處）。,開放式知識發(fā)現(xiàn),開放式知識發(fā)現(xiàn)的過程是，對某個初始研究主題A，在MED

8、LINE的標題字段檢索其相關文獻，尋找與A在標題中共同出現(xiàn)的中間詞B，通過篩選得到有一定意義的B，進而重復上述過程，得到目標詞C。開放式挖掘初衷是從某個疾病或藥物初始，尋找疾病的潛在病因和治療方法或者藥物的潛在治療應用。,開放式的知識發(fā)現(xiàn),BITOLA http://www.mf.uni-lj.si/bitola/,輸入單個的概念（疾病A），找到該概念的第一層相關概念并加以歸類（藥物B）。從第一層相關概念（藥物B）出發(fā)，找到它們的

9、相關概念，并加以歸類（基因C）。檢驗基因和疾病是否有關聯(lián)。如果沒有，該基因與疾病有潛在的聯(lián)系而且并沒有文獻報道。提示：與疾病、生理學反應或者其他表型相關的新基因、藥物或者神經(jīng)科學。,BITOLA,,BITOLA：open,,BITOLA：close,,BITOLA：close,,BITOLA：close,,,,生物醫(yī)學信息檢索技巧,學術搜索引擎Google scholar的使用Scius的使用Medical Matrix網(wǎng)絡

10、資源利用工具Faculty of 1000 MedicineRRS的使用,Google 學術搜索,提供可廣泛搜索學術文獻的簡便方法。來自學術著作出版商、專業(yè)性社團、預印本、各大學及其他學術組織的經(jīng)同行評論的文章、論文、圖書、摘要和文章。,,,,標題 – 鏈接到文章摘要或整篇文章（如果文章可在網(wǎng)上找到）引用者 – 提供引用該組文章的其他論文。相關文章 – 查找與本組文章類似的其他論文。圖書館鏈接（在線） – 通過您已建立聯(lián)屬關

11、系的圖書館資源找到該項成果的電子版本。在您登錄校園網(wǎng)后將自動顯示這些鏈接。圖書館鏈接（離線） – 找到藏有這項學術成果的圖書館。同組文章 – 查找您可能看到的同屬這組學術研究成果的其他文章，可能是初始版本，其中有預印本、摘要、會議論文或其他改寫本。網(wǎng)絡搜索 –  Google 搜索中關于該研究成果的信息。,Scirus,http://www.scirus.com綜合性最強的web科研工具。4.5億條記錄，不僅僅有期刊上

12、的內(nèi)容，還有科學家的主頁、課件、預印文本、專利和科研單位的收藏和網(wǎng)站信息。由Elsevier科學出版社開發(fā)。,Scirus,覆蓋的學科范圍包括：農(nóng)業(yè)與生物學，天文學，生物科學，化學與化工，計算機科學，地球與行星科學，經(jīng)濟、金融與管理科學，工程、能源與技術，環(huán)境科學，語言學，法學，生命科學，材料科學，數(shù)學，醫(yī)學，神經(jīng)系統(tǒng)科學，藥理學，物理學，心理學，社會與行為科學，社會學等。每月更新，可檢索1973-2002年間發(fā)表的文獻。,,,生物

13、醫(yī)學信息檢索技巧,學術搜索引擎Google scholar的使用Scius的使用Medical Matrix網(wǎng)絡資源利用工具Faculty of 1000 MedicineRRS的使用,Medical Matrix,由美國醫(yī)學信息學會主辦，其收集的內(nèi)容專業(yè)、全面，是目前最重要的醫(yī)學專業(yè)搜索引擎。只需在首次訪問時注冊，即可免費使用，提供了關鍵詞搜索和分類目錄，非常適合適合臨床醫(yī)師使用。分類目錄是其主要特色，按各種醫(yī)學信息分

14、為專業(yè)（Specialties）、疾病種類（Diseases）、臨床應用（Clinical Practice）、文獻（literature）、教育（Education）、健康和職業(yè)（Healthcare and Professionals）、醫(yī)學和計算機（Medical Computing，Internet and Technology）、市場（Marketplace）等8大類。,Medical Matrix,每一大類下再根據(jù)內(nèi)容的性質

15、分為新聞（News）、全文和多媒體（Full Text/MultiMedia）、摘要（Abstracts）、參考書（Textbooks）、主要網(wǎng)址（Major Sites/Home Pages）、操作手冊（Procedures）、實用指南（Practice Guidelines/FAQS）、病例（Cases）、臨床和和病理圖像（Images、Path/Clinical）、患者教育（Patient Education）、教學資料（Educ

16、ational Materials）等亞類。對鏈接的網(wǎng)址按一到五個星進行分級，并且附有簡明扼要的評論，便于使用者事先決定是否進入其網(wǎng)頁進一步閱讀，以節(jié)省時間。另外還提供免費的mailing list,定期發(fā)布網(wǎng)上醫(yī)學資源變化情況的通知。,,,,,,,Faculty of 1000,是一種新型的文獻發(fā)現(xiàn)和研究工具，由BioMed Central所出版。由2400多位專家學者推薦，提供目前世界上最重要的生物學論文資訊及研究趨勢。提供超過

17、1000名頂尖科學家的一致推薦。有系統(tǒng)地組織并評價大量的科學論文信息，收錄每篇具有科學價值的文獻，論文重要性的評論依據(jù)是其科學成就而非這些文獻在哪里發(fā)表。每篇文章都包含專家所給的評論，并依據(jù)F1000 Factor評定文章的類別。 隨時獲得特定研究領域中最重要的論文信息；提供作者同行針對單一論文的即時評價，期刊之影響因子則對此直接評價提供重要的補充評價。,,http://www.f1000biology.com/home,,,,,

18、,,RSS,RSSReally Simple SyndicationRich Site Summary RDF Site Summary 是一種描述和同步網(wǎng)站內(nèi)容的格式。一種方便的信息獲取工具。,RSS可以干什么,RSS獲取信息的模式與加入郵件列表（如電子雜志和新聞郵件）獲取信息有一定的相似之處，也就是可以不必登錄各個提供信息的網(wǎng)站而通過客戶端瀏覽方式（稱為“RSS閱讀器”）或者在線RSS閱讀方式這些內(nèi)容。例如，通過一個RSS閱

19、讀器，可以同時瀏覽新浪新聞，也可以瀏覽搜狐或者百度的新聞。,RSS可以干什么,訂閱BLOG：訂閱與你有共同愛好的作者的Blog；訂閱新聞；訂閱期刊和PubMed上的相關記錄：你可以訂閱你工作中所需的技術文章。你再也不用一個網(wǎng)站一個網(wǎng)站，一個網(wǎng)頁一個網(wǎng)頁去逛了。只要這將你需要的內(nèi)容訂閱在一個RSS閱讀器中，這些內(nèi)容就會自動出現(xiàn)你的閱讀器里，你也不必為了一個急切想知道的消息而不斷的刷新網(wǎng)頁，因為一旦有了更新，RSS閱讀器就會自己通知你

20、！,RSS的使用,使用RSS獲取信息的前提是，先安裝一個RSS閱讀器，然后將提供RSS服務的網(wǎng)站加入到RSS閱讀器的頻道即可。大部分RSS閱讀器本身也預設了部分RSS頻道，如新浪新聞、百度新聞等。,RSS的使用,在許多新聞信息服務類網(wǎng)站，會看到按鈕,有的網(wǎng)站使用一個圖標，有的同時使用兩個，這就是典型的提供RSS訂閱的標志，這個圖標一般鏈接到訂閱RSS信息源的URL。當然，即使不用這樣的圖標也是可以的，只要提供訂閱RSS信息源的URL即可