母豬初情期全基因組關(guān)聯(lián)分析和位置候選基因研究.pdf

1、養(yǎng)豬生產(chǎn)中，繁殖性能直接影響母豬的生產(chǎn)效率。母豬初情期是指正常青年母豬到達(dá)第一次發(fā)情并排卵時的月齡。母豬初情期的遺傳力為0.32，屬于中等遺傳力性狀。由于初情期和發(fā)情周期的鑒定工作十分費(fèi)力，因此在育種中通過表型選擇改良母豬初情期難度較大，如果能鑒別到影響母豬初情期的主效基因或與之緊密連鎖的分子標(biāo)記，采用標(biāo)記輔助選擇來改良母豬將行之有效。
　　 近年來，隨著豬全基因組測序的完成，大量源于測序及再測序SNP的發(fā)現(xiàn)，尤其是豬60K S

2、NP芯片(Illumina Porcine SNP60K Bead Chip)的上市，使得豬全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)成為可能。本研究以白色杜洛克×二花臉資源群體F2代母豬為研究對象，在母豬初情期QTL初步定位的基礎(chǔ)上，利用Illumina豬60K SNP芯片對316頭有初情期表型記錄的F2母豬及其親本進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)，并通過增加標(biāo)記密度對初步定位的QTL進(jìn)行精細(xì)定位，在此基礎(chǔ)上分析LIN28B和TMEM38B兩個位置

3、候選基因與母豬初情期的關(guān)聯(lián)性。
　　 單標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示，與初情期顯著關(guān)聯(lián)的100個SNP中有74個位于7號染色體(SSC7)，其中關(guān)聯(lián)性最強(qiáng)的SNP(corrected P value=7.54×10-4)位于SSC7的33.07 Mb處，這74個顯著關(guān)聯(lián)的SNP的物理位置從20.05Mb處開始到132.10Mb處結(jié)束。除SSC7外，有6個與母豬初情期顯著關(guān)聯(lián)的SNP位于1號染色體上(SSC1)，其中關(guān)聯(lián)性最強(qiáng)的S

4、NP(corrected P value=7.38×10-3)位于SSC112.55Mb處。另外，SSC2、SSC3、SSC4、SSC6、SSC8和SSC15等染色體也存在少量與初情期顯著關(guān)聯(lián)的SNP。
　　 基于60K SNP基因型數(shù)據(jù)的連鎖和連鎖不平衡分析結(jié)果顯示，在SSC1、SSC2、SSC6、SSC7和SSC13存在多個與母豬初情期顯著關(guān)聯(lián)的單倍型。其中SSC7上的單倍型與初情期關(guān)聯(lián)性最強(qiáng)。
　　 通過對6頭F1

5、公豬PCR產(chǎn)物直接測序，分別在LIN28B和TMEM38B兩個候選基因外顯子上搜尋得到2個和1個SNP，采用SNaPShot法判定各SNP在白色杜洛克×二花臉資源群體F0、F1和454頭有初情期表型記錄的F2代母豬中的基因型。標(biāo)準(zhǔn)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示，LIN28B基因的2個SNP位點(diǎn)Exon1 g.771 A>T、Exon2 g.243 G>A和TMEM38B的SNP位點(diǎn)Exon1 g.488 G>A均與初情期呈顯著相關(guān)(P<0.05)。但