基于cpDNA和nDNA多基因位點序列研究大豆屬物種的系統(tǒng)發(fā)生關系.pdf

1、本研究選取了來自國內外具有一定代表性的Soja亞屬和Glycine亞屬共16個種81份材料，通過利用實驗室前期的已測序數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫中的大豆重測序數(shù)據(jù)，對野生大豆和栽培大豆中均未發(fā)現(xiàn)變異位點的基因進行篩選，以期挖掘出新的適用于大豆屬系統(tǒng)發(fā)育研究的核基因；同時結合文獻中挑選的基因序列信息，重構大豆屬的系統(tǒng)發(fā)育樹，為后續(xù)對大豆屬進行近一步的研究奠定基礎。主要結果如下：
　　1、本文共挑選了14個基因片段，其中從文獻中挑選了4個cpDNA

2、片段，3個nDNA片段；從實驗室數(shù)據(jù)和重測序數(shù)據(jù)中，篩選出7個新的引物通性較高、變異速率適中（約10％）、易裝配的低拷貝的核基因片段。
　　2、4個cpDNA片段，測序長度共2068bp，SNP位點95個，θ值0.00925，π值0.01100；3個nDNA片段，測序長度共1074bp，SNP位點170個，θ值0.03188，π值0.03223；7個新的nDNA片段，測序長度共2567bp，SNP位點258個，θ值0.02024，

3、π值0.01705。
　　3、對大豆屬各種內遺傳多樣性進行分析，不同物種的遺傳多樣性差異較大。其中G.can、G.cla、G.tab、G.tom四個種的π值和θ值相對較高，并且G.tab的π值和θ值明顯高出其它種，說明其種內差異較大。
　　4、對大豆屬進行系統(tǒng)發(fā)育分析，大豆屬被分為黃豆亞屬和大豆亞屬兩個大支；大豆亞屬內又被劃分為3個主要的分支。該研究結果在大支的劃分上與前人的研究結果相一致。單獨基于不同類型的基因數(shù)據(jù)進行建樹

4、分析，結果表明分別基于葉綠體基因與核基因構建的系統(tǒng)發(fā)育樹在Glycine亞屬內的劃分明顯不同。
　　5、單獨基于葉綠體基因與核基因構建的系統(tǒng)發(fā)育樹中，G.tabacina均被劃分為兩組，一組是來自國內的品種G.tab6-G.tab10（2n=80），一組是來自澳大利亞的品種G.tab1-G.tab5（2n=40）。推測可能是由于四倍體的G.tabacina（2n=80）是古多倍體復合體，與二倍體G.tabacina之間的遺傳差異較