L02-HBx細胞長鏈非編碼RNA的表達譜分析及初步生物信息學(xué)研究.pdf

1、目的:研究L02/HBx細胞與L02/pcDNA3.0細胞的長鏈非編碼RNA(lncRNA)表達譜，對差異基因進行初步生物信息學(xué)分析。
　　方法:選取實驗組L02/HBx，對照組轉(zhuǎn)染空質(zhì)粒的L02細胞(L02/pcDNA3.0)作為實驗對象，分別提取兩組細胞的總RNA并純化，檢驗RNA質(zhì)量，反轉(zhuǎn)錄得到cDNA，并合成生物素標(biāo)記的cRNA探針。利用lncRNA芯片技術(shù)檢測兩組的lncRNAs和mRNAs表達譜的差異，經(jīng)過對原始數(shù)據(jù)進

2、行預(yù)處理、均一化后，篩選出差異表達的lncRNAs和mRNAs，進行統(tǒng)計學(xué)分析。分別選取上調(diào)的lncRNA4個:TCONS_00006195, ENST00000557524, NR_037597,ENST00000539975，下調(diào)的lncRNA3個:ENST00000508424，ENST00000447433，uc0011va.4，采用SYBRGREENⅠ實時熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)在兩細胞株中驗證，并用GAPDH做內(nèi)

3、參。綜合NCBIRefSeq，UCSC，RNAdb，lncRNAs等數(shù)據(jù)庫資源，對芯片結(jié)果進行GO，pathway初步生物信息學(xué)分析。
　　結(jié)果:1.將實驗組和對照組lncRNAs表達量比較:其中2倍以上變化且差異有統(tǒng)計學(xué)意義（P＜0.05）的lncRNAs和mRNAs。與對照組比較，實驗組中l(wèi)ncRNA上調(diào)2倍以上變化的共323條，下調(diào)2倍以上變化的共421條;mRNA上調(diào)2倍以上變化的共742條，下調(diào)2倍以上變化的共501條。

4、
　　2.采用SYBR綠色熒光染料Ⅰ(SYBRGREENⅠ)實時檢測的聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)驗證表達上調(diào)的4個lncRNAs: TCONS_00006195，ENST00000557524，NR_037597，ENST00000539975，表達下調(diào)的3個lncRNAs: ENST00000508424,ENST00000447433,uc0011va.4，和芯片結(jié)果基本吻合。
　　3.GO(Gene Ontology

5、)分析顯示，在差異表達的mRNA中，上調(diào)表達的有526個參與生物學(xué)進程，下調(diào)表達的680有個參與生物學(xué)進程;上調(diào)表達的有68個參與細胞組件，下調(diào)表達的有59個參與細胞組件;上調(diào)表達的有77個參與分子功能，下調(diào)表達的有86個參與分子功能。
　　4.Pathways分析顯示，在L02/HBx細胞中有52條通路(pathway)受上調(diào)的mRNAs調(diào)控，有21條通路受下調(diào)的mRNAs調(diào)控。
　　結(jié)論:1.與對照組比較，L02/HBx

6、細胞株lncRNAs表達譜發(fā)生了顯著變化。其中RT-PCR驗證TCONS_00006195，ENST00000557524，NR_037597，ENST00000539975表達上調(diào)，ENST00000508424，ENST00000447433，uc0011va.4表達下調(diào)。
　　2.生物信息學(xué)初步分析L02/HBx細胞株中差異表達的mRNA涉及到L02/HBx細胞的生長、分化、凋亡以及整個細胞周期過程。涉及到的通路包括:信號傳