家豬和野豬大腦組織的比較轉錄組研究.pdf

1、脊椎動物中樞神經(jīng)系統(tǒng)的高級部位是大腦，它是生命機能的主要調節(jié)器。本研究以榮昌豬(RC)和野豬(WB)的大腦為研究對象，通過RNA-seq測序技術檢測了RC和WB大腦的mRNA表達譜，鑒定新的mRNA轉錄本、可變剪切、SNVs和INDELs;通過差異分析篩出在RC和WB的大腦組織中差異表達的基因，分析了關鍵基因與功能差異的關系。為RC和WB的相關研究提供新的參考數(shù)據(jù)，同時也為家養(yǎng)動物起源與馴化的研究提供參考。
　　利用RNA-seq

2、測定2個組織的轉錄組，共獲得234M(million)、測序讀長為100bp的雙末端序列，產(chǎn)生大約23.38Gb(gigabases)的數(shù)據(jù)，共鑒定出116，466個轉錄本，其中RC中有57，797個、WB中有58，669個，并在RC和WB中分別發(fā)現(xiàn)了7，968和8，062個新轉錄本;分析2個轉錄文庫的序列變異共發(fā)現(xiàn)37，899個可變剪切、1，113，972個SNVs和91，379個插入/缺失(INDELs)變異。
　　差異基因分

3、析篩選出490個在RC和WB中差異表達的基因;通過GO和Pathway分析，將這些差異基因富集到55個功能項，其中與藥物代謝、細胞間信號傳導和激素代謝等功能項與RC和WB的生理特征相關。其中有約50％的富集通路與免疫相關，其中與藥物代謝(Drug metabolism，p=2.44E-05)相關的基因均在RC中有較高的表達量。關鍵基因AOX1、IL1B以及LAG3的表達差異反應了RC與WB的免疫特征;與神經(jīng)傳導相關的關鍵基因GALR2和

4、MPZ在WB中的高表達分別使得WB具有更強的抗壓抗應激能力以及更快更敏銳的反應速度;與糖類代謝相關的關鍵基因SI反應了WB采食的日糧多為高淀粉低脂的事實;孕激素依賴的CYP26A1與繁殖性能息息相關，CYP26A1基因在RC中的表達量較WB高，這與RC的高繁殖性能相吻合。
　　通過Q-PCR驗證RNA-seq結果，兩者之間有很好的相關性(Person's r=0.86，p＜10-3)。說明RNA-seq結果準確可靠。
　　通