家蠶蛋白質(zhì)基因組學(xué)分析及新品種比較試驗(yàn).pdf

1、家蠶基因組測(cè)序工作完成后，便開(kāi)始了家蠶功能基因組學(xué)的研究。蛋白質(zhì)組學(xué)分析是功能基因組學(xué)研究的重點(diǎn)，而準(zhǔn)確的基因組注釋對(duì)于功能基因組學(xué)研究至關(guān)重要。
　　為了開(kāi)展全面系統(tǒng)的家蠶蛋白質(zhì)組學(xué)比較研究，我們搜集了我們實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)報(bào)道的，包含了家蠶的后部絲腺、中部絲腺、卵巢、精巢、頭、腦、前胸腺、咽下神經(jīng)節(jié)、血液、脂肪體、胚胎、以及野蠶后部絲腺共12個(gè)數(shù)據(jù)集的980多萬(wàn)個(gè)譜圖。利用兩個(gè)家蠶蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，采用相同的搜索條件，對(duì)這些質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了

2、重新搜索鑒定，共鑒定到4307個(gè)蛋白。鑒定蛋白最多的3個(gè)組織為家蠶后部絲腺，中部絲腺和野蠶后部絲腺，分別鑒定到了3487，1180和1957個(gè)蛋白，血液中鑒定到的蛋白最少只有158個(gè)。結(jié)果顯示有1836個(gè)蛋白是組織特異性蛋白，還有10個(gè)蛋白屬于看家基因。
　　為進(jìn)一步完善家蠶的基因組注釋，我們利用了上述980多萬(wàn)個(gè)譜圖數(shù)據(jù)進(jìn)行了家蠶蛋白質(zhì)基因組學(xué)分析。通過(guò)對(duì)六位移碼翻譯數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索比較，我們鑒定到了1701條新的肽段，基于這些肽段

3、信息，發(fā)現(xiàn)了237個(gè)新的編碼序列（ORF），修正了121個(gè)現(xiàn)有的基因模型。通過(guò)對(duì)可變剪接數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索比較，我們檢測(cè)到了1182條跨外顯子(junction)肽段，發(fā)現(xiàn)了973個(gè)可變剪接位點(diǎn)和460個(gè)發(fā)生了可變剪接的基因。
　　進(jìn)一步利用基于RNA-seq技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組分析方法對(duì)家蠶基因組注釋進(jìn)行了研究，共獲得1704個(gè)新轉(zhuǎn)錄本和1136個(gè)新外顯子，修正了2581個(gè)UTR區(qū)，發(fā)現(xiàn)了1301個(gè)發(fā)生可變剪切的基因。通過(guò)蛋白質(zhì)基因組和轉(zhuǎn)錄組

4、2個(gè)分析結(jié)果的比較發(fā)現(xiàn)，蛋白質(zhì)基因組中有103個(gè)新的編碼序列（ORF）與轉(zhuǎn)錄組結(jié)果中的127個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本能夠相互驗(yàn)證，此外14個(gè)修正的基因模型和10個(gè)跳過(guò)的外顯子也在2個(gè)分析結(jié)果中同時(shí)得到驗(yàn)證。2個(gè)分析結(jié)果合并后，我們一共發(fā)現(xiàn)了1838個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本和1593個(gè)可變剪接基因，修正了5074個(gè)現(xiàn)有基因。我們的研究結(jié)果顯示了利用家蠶質(zhì)譜數(shù)據(jù)、以及進(jìn)一步整合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)對(duì)提高家蠶基因組注釋的巨大作用。
　　對(duì)由蛋白質(zhì)組學(xué)研究結(jié)果指導(dǎo)育成的家