基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)分析紫穗槐菌根差異表達(dá)基因.pdf

1、叢枝菌根真菌(AMF)是一類廣泛存在的與宿主植物進(jìn)行互利共生的真菌，共生雙方雙向轉(zhuǎn)運(yùn)營(yíng)養(yǎng)成分，克服各種生物與非生物脅迫。AMF與植物共生是一個(gè)精細(xì)的分子調(diào)控過(guò)程，從預(yù)共生時(shí)期的信號(hào)對(duì)話，到共生階段的植物脅迫防御、細(xì)胞形態(tài)重塑，每一步都有大量生物分子參與，不同于傳統(tǒng)模式植物百脈根和苜蓿，本研究選用木本豆科植物紫穗槐作為AMF的宿主植物，可能有不同的分子機(jī)制，從轉(zhuǎn)錄水平上篩選AMF與紫穗槐共生相關(guān)基因。
　　利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)篩選AM

2、F在定植紫穗槐的過(guò)程中紫穗槐差異表達(dá)基因，經(jīng)過(guò)篩查得到差異表達(dá)基因2460個(gè)，其中上調(diào)表達(dá)基因881個(gè)，下調(diào)表達(dá)基因1579個(gè)。排除未知功能基因、只能夠進(jìn)行功能預(yù)測(cè)的基因以及表達(dá)量差異較小的基因，并且當(dāng)基因的樣本間差異結(jié)果同時(shí)滿足以下幾項(xiàng)條件時(shí):Fold change＞l，F(xiàn)DR(q-value)＜0.001，至少有一個(gè)樣本的RPKM＞20，因此通過(guò)該標(biāo)準(zhǔn)篩選到顯著差異表達(dá)基因285個(gè)，其中上調(diào)基因82個(gè)，下調(diào)基因203個(gè)。為近一步分析

3、AMF在侵染紫穗槐過(guò)程中紫穗槐菌根差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能，根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)提供的蛋白信息，GO分類信息，KOG分類信息以及相關(guān)文獻(xiàn)的信息，將顯著上調(diào)的82個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分類，結(jié)果表明，82個(gè)差異表達(dá)基因可以被分為以下七大類，分別是:脅迫防御、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、代謝、蛋白折疊與降解、蛋白合成、能量以及轉(zhuǎn)錄。同時(shí)對(duì)203個(gè)下調(diào)基因進(jìn)行進(jìn)一步篩選，篩選標(biāo)準(zhǔn)是Fold change＞2，得到更為顯著地下調(diào)基因50個(gè)，通過(guò)相關(guān)文獻(xiàn)的以及數(shù)據(jù)庫(kù)提供的蛋