蛋白質(zhì)質(zhì)譜高通量分析平臺的建立及其在消化道腫瘤中的應用性研究.pdf

1、腫瘤是一種多基因參與、多步驟發(fā)展、內(nèi)外環(huán)境交互作用下形成的復雜疾病，單一的腫瘤標志物往往難以反映腫瘤的全貌。目前運用生物信息學方法綜合多種腫瘤標志物信息來相對全面的反映腫瘤特征以達到更好的診斷效果，已為大多數(shù)學者所認同。臨床研究顯示，對惡性腫瘤而言早期診斷的意義遠大于現(xiàn)有的任何一種治療方案，但現(xiàn)有常用標志物對早期無癥狀階段腫瘤的及時發(fā)現(xiàn)能力仍遠不能令人滿意。所以尋找靈敏度、特異度均高，檢測方便，無創(chuàng)的標志物用于腫瘤早期發(fā)現(xiàn)、早期診斷已成

2、為當務之急。食管癌、胃癌、大腸癌等消化道惡性腫瘤的發(fā)病率和死亡率一直位居各種腫瘤的前列，因此消化道惡性腫瘤的診治歷來是我國腫瘤研究領域的重點之一。目前，如何提高腫瘤的診斷率，尤其是早期診斷率已被公認為是改善其療效和預后的關(guān)鍵。 由于蛋白質(zhì)而并非核酸才是生命活動的具體執(zhí)行者和體現(xiàn)者，因此深入研究消化道惡性腫瘤發(fā)病機制，尋找特異、靈敏的腫瘤標志物用于診斷，尤其是早期診斷，客觀上要求在蛋白質(zhì)組的水平進行進一步探索。蛋白質(zhì)組學技術(shù)在腫瘤

3、中的應用已經(jīng)越來越廣泛。按技術(shù)和研究的目的分，腫瘤蛋白質(zhì)組學可以分為表達蛋白質(zhì)組學和功能蛋白質(zhì)組學。表達蛋白質(zhì)組學包括二維凝膠電泳(2-DE)，色譜與質(zhì)譜結(jié)合分析法，肽和蛋白質(zhì)的微陣列，組織陣列等等。表面加強激光解吸電離-飛行時間質(zhì)譜(surface-enhancedlaserdesorption/ionizationtime-of-flightmassspectrometry，SELDI-TOF-MS)是近年來發(fā)展起來的一種全新的蛋白

4、質(zhì)組學研究手段，該方法相比其它傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組學研究方法，具有能夠直接對臨床標本進行檢測，實現(xiàn)了質(zhì)譜技術(shù)高通量的用于臨床樣本檢測的優(yōu)點。但SELDI-TOF-MS實驗的重復性相對不足。 高通量的血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜法將產(chǎn)生海量的數(shù)據(jù)，對這些數(shù)據(jù)的分析和建模依賴于生物信息軟件。傳統(tǒng)的方法在分析海量數(shù)據(jù)時十分繁瑣。高通量數(shù)據(jù)分析軟件的設計方法直接決定了實驗是否可以達到高通量，并且關(guān)系到選出的峰是否是具有可重復性的真正的蛋白質(zhì)峰。 SE

5、DLI技術(shù)結(jié)合生物信息學方法篩選的候選血清腫瘤標志物的純化和鑒定也是很關(guān)鍵的步驟?？梢詾橹苽湎鄳膯慰寺】贵w或多肽瘤苗等應用研究提供資源和基礎，為研究腫瘤發(fā)生發(fā)展機制提供新思路。 本課題旨在通過建立血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜的標準化方法來克服SELDI-TOF-MS實驗的重復性相對不足的問題；通過開發(fā)高通量蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析平臺實現(xiàn)海量數(shù)據(jù)的高通量分析并增加分析結(jié)果的可重復性；應用血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜的標準化方法及自主開發(fā)的高通量蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分