基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).pdf

1、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)作為機(jī)器學(xué)習(xí)的重要方法,在生物信息學(xué)領(lǐng)域中取得了廣泛的應(yīng)用,尤其是生物序列的模式分析中,如蛋白質(zhì)的分類(lèi)、啟動(dòng)子的識(shí)別與分類(lèi)等等.神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)也同樣被應(yīng)用于蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)通過(guò)學(xué)習(xí)現(xiàn)有的氨基酸序列與二級(jí)結(jié)構(gòu)間的關(guān)系,可以對(duì)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)做出預(yù)測(cè).相比其它機(jī)器學(xué)習(xí)方法,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)在這些應(yīng)用中,具有高效準(zhǔn)確的特點(diǎn).我們?cè)O(shè)計(jì)完成了用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的系統(tǒng),我們?cè)趯?shí)現(xiàn)中著重研究了兩類(lèi)問(wèn)題,一是如何對(duì)氨基酸進(jìn)行編碼,二是

2、如何根據(jù)生物特性對(duì)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步的后處理以及如何合并多個(gè)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測(cè)結(jié)果.在第一個(gè)問(wèn)題上,我們分別根據(jù)概率和氨基酸的生物特性提出了多種編碼方法;在后處理及結(jié)果的合并上,我們根據(jù)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的生物特性,提出了預(yù)測(cè)結(jié)果的修改規(guī)則.同時(shí),為了得到更準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)結(jié)果,我們?cè)谟?xùn)練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)時(shí)采用了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)集合的方法,并根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的效果提出了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)集合中各神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)果的合并規(guī)則.在三類(lèi)分類(lèi)器和并過(guò)程中,我們根據(jù)系統(tǒng)的實(shí)際情況提出了可行