枯草芽孢桿菌高質(zhì)量代謝網(wǎng)絡的初步構建.pdf

1、建立高質(zhì)量的微生物代謝反應數(shù)據(jù)庫是進行代謝網(wǎng)絡定量分析和運用代謝工程技術改良菌種的基礎，更是從宏觀角度整體分析微生物的系統(tǒng)生物學的體現(xiàn)。目前國內(nèi)外的研究方法主要是結合各種相關互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫的信息和書籍、文獻、專利以及實驗事實和結果等對已有的數(shù)據(jù)庫進行不斷補充和完善或建立新的代謝反應數(shù)據(jù)庫。 枯草芽孢桿菌自被發(fā)現(xiàn)以來，一直在工業(yè)及醫(yī)藥領域有著廣泛的應用，對于該菌種的研究和改良也越來越多，但是對于其代謝網(wǎng)絡了解的不完善一直影響著研究的

2、進行。為了使研究者更加清晰的了解枯草芽孢桿菌的代謝網(wǎng)絡并用以指導實驗研究，本論文針對枯草芽孢桿菌，搜集了目前針對該菌研究最有權威的三個互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫KEGG、Subtilist和Expasy的基因組注釋信息和代謝反應信息，利用VBA語言編程，以KEGG數(shù)據(jù)庫為基準，將三個數(shù)據(jù)庫的信息分別按照BG no.和EC no.進行比對,使三個數(shù)據(jù)庫的信息互為補充，得到了完整的枯草芽孢桿菌基因組信息，并通過KEGG數(shù)據(jù)庫提供的KO項以及大量的文獻查閱