遼寧地區(qū)漢族人群TAP1基因多態(tài)性的法醫(yī)學(xué)意義研究.pdf

1、抗原處理相關(guān)轉(zhuǎn)運蛋白(transporterassociatedwithantigenprocessingprotein，TAP)是一種位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上的轉(zhuǎn)運蛋白。TAP蛋白參與MHCI類分子的加工和提呈。TAP蛋白是由TAP1基因和TAP2基因編碼的TAP1多肽和TAP2多肽組成的異二聚體。 TAP基因于1990年分別被Trowsdale等人和Spies等人同時發(fā)現(xiàn)。TAP基因包括TAP1基因和TAP2基因。TAP1基因定位于

2、6p21.3上，屬于HLA類區(qū)域，含有11個外顯子與10個內(nèi)含子。1992年Colonna等人確定了TAP1基因多態(tài)性的存在。2005年IHWC公布了7個TAP1等位基因，這7個等位基因中包含了共有12個位于外顯子的SNP位點。有關(guān)TAP1基因多態(tài)性在中國北方漢族人群中的分布狀況及其法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價值，目前國內(nèi)外尚無報道。 本研究選擇TAP1基因3個SNP位點，調(diào)查其在中國遼寧地區(qū)漢族人群的等位基因和基因型頻率分布，為法醫(yī)學(xué)個人識

3、別和親權(quán)鑒定中的實際應(yīng)用提供必要基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。 材料與方法1.198例靜脈抗凝血取自遼寧地區(qū)漢族健康無血緣關(guān)系獻血者。5例已知親緣關(guān)系家系由法醫(yī)血清學(xué)教研室提供。 2.應(yīng)用PCR-RFLP技術(shù)檢測TAP1基因中3個SNP位點的多態(tài)性分布。并用于親子鑒定案例。 3.直接計數(shù)法計算3個SNP位點基因頻率及基因型頻率；進行Hardy-Weinberg平衡檢驗以及基因座獨立性分析；不同群體之間等位基因頻率分布的差異用S

4、PSS13.0統(tǒng)計軟件進行卡方檢驗和聚類分析，按Fisher法計算個人識別率(DP)，按Garber法計算非父排除率(EPP)。 結(jié)果1.在遼寧漢族人群中TAP1基因333SNP位點檢出兩個等位基因A和G，等位基因A頻率為0.7121，G為0.2879。兩個等位基因構(gòu)成三種基因型：A/A、A/G、G/G。其中A/A為99例，A/G為84例，G/G為15例，頻率分別為0.5000，0.4242，0.0758。 2.63

5、7SNP位點檢測出兩個等位基因A和G，等位基因A頻率為0.7626，G為0.2373。兩個等位基因構(gòu)成三種基因型：A/A、A/G、G/G。其中A/A為113例，A/G為76例，G/G為9例，頻率分別為0.5707，0.3838，0.0455。 3.643SNP位點檢測出兩個等位基因C和T，等位基因C頻率為0.7146，T為0.2854。兩個等位基因構(gòu)成三種基因型：C/C、C/T、T/T。其中C/C為98例，C/T為87例，T/

6、T為13例，頻率分別為0.4949，0.4394，0.0642。 4.在5例親子鑒定案例中，有4例雙親均可以提供給孩子相應(yīng)的等位基因，未排除父權(quán)；1例被控父不能提供相應(yīng)的等位基因，提示可能排除。 討論對遼寧地區(qū)漢族人群198例無關(guān)個體樣本的TAP1基因的3個SNP位點分析結(jié)果表明，其基因型分布完全符合Hardy-Wenberg平衡定律。對3個SNP位點兩兩進行2×2統(tǒng)計表和x2檢驗，P值均大于0.05。證明3個SNP

7、位點之間沒有明顯關(guān)聯(lián)，處于連鎖平衡狀態(tài)。 在3個SNP位點中，333SNP位點A/A基因型頻率最高，G/G最低；637SNP位點以A/A最高，G/G型最低；643SNP位點以C/C最高，T/T最低。 目前對TAP1基因643SNP位點在其他正常人群中未見報道，本研究將333SNP位點和637SNP位點的基因頻率與其他文獻報道的6個不同群體進行比較。 分析結(jié)果顯示這兩個SNP位點的等位基因頻率在黃種人、黑種人

8、和白種人之間存在明顯差異。而且這兩個SNP位點的等位基因頻率在三個人種內(nèi)不同群體之間也存在差異。這說明TAP1基因不僅具有種族差異，而且在同一種族內(nèi)不同群體之間也存在差異。 根據(jù)TAP1基因3個SNP位點的等位基因頻率調(diào)查結(jié)果計算出各位點的雜合度、個人識別幾率和非父排除率，并計算累積個人識別幾率和累積非父排出率。結(jié)果顯示這三個位點都屬于高鑒別能力的遺傳標記系統(tǒng)，333、637和643SNP位點的個人識別幾率分別為0.5643，

9、0.5360，0.5565；父權(quán)排除概率分別為0.1630，0.1486，0.1621；累積個人識別幾率為0.9084；累積父權(quán)排除概率為0.4029。在法醫(yī)學(xué)個人識別和親子鑒定中具有較高的應(yīng)用價值。 本研究應(yīng)用TAP1基因3個SNP位點對5例親子鑒定進行檢測，其中案例3的被控父不能提供生物學(xué)父親應(yīng)具有的等位基因，結(jié)合本教研室其他的遺傳標記的檢測結(jié)果否定了該例中假定父親的父權(quán)。另外4例均未排除生物學(xué)親子關(guān)系，與本室親子鑒定檢測