DNA序列比對(duì)最大似然度進(jìn)化模型.pdf

1、序列比對(duì)是生物信息學(xué)中重要的研究課題，是發(fā)現(xiàn)序列的功能，結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息的重要手段。現(xiàn)有的很多比對(duì)算法都是基于目標(biāo)函數(shù)，目標(biāo)函數(shù)利用替換矩陣和空位罰分對(duì)比對(duì)過(guò)程和結(jié)果進(jìn)行記分，用記分值來(lái)判斷序列比對(duì)結(jié)果的好壞。基于目標(biāo)函數(shù)的比對(duì)算法的缺點(diǎn)是記分系統(tǒng)的些許變動(dòng)就可能導(dǎo)致局部或全局比對(duì)劇烈變化。由此，本文提出了DNA序列最大似然度比對(duì)算法來(lái)對(duì)DNA序列進(jìn)行序列比對(duì)。 本文首先介紹序列比對(duì)的基本概念，詳細(xì)敘述了替換矩陣、空位罰分和目標(biāo)

2、函數(shù)以及它們對(duì)序列比對(duì)的影響，然后深入研究了雙序列各種常用的比對(duì)算法：點(diǎn)陣分析、動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法和詞或k-串方法，并給出了它們的算法思想或偽代碼。接著，根據(jù)基于目標(biāo)函數(shù)算法的缺點(diǎn)，提出最大似然度比對(duì)算法，該算法分為兩個(gè)部分：參數(shù)估值算法和比對(duì)算法。最大似然度比對(duì)算法首先使用進(jìn)化參數(shù)估值算法對(duì)一對(duì)DNA序列相關(guān)的進(jìn)化參數(shù)進(jìn)行估值，然后比對(duì)算法利用估算出來(lái)的參數(shù)值對(duì)DNA序列進(jìn)行比對(duì)。它是一個(gè)獨(dú)立的方法，完全避開(kāi)了基于替換矩陣和空位罰分的序列比