基于結(jié)構(gòu)域組合信息預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用.pdf

1、結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能區(qū)域，在蛋白質(zhì)相互作用過程中發(fā)揮重要作用。近年來，已出現(xiàn)多種從結(jié)構(gòu)域水平預(yù)測蛋白質(zhì)間相互作用的方法，這些方法大多基于結(jié)構(gòu)域?qū)χg發(fā)生相互作用的頻率特征建立預(yù)測模型。其不足在于，由于訓(xùn)練樣本有限，只能獲取部分結(jié)構(gòu)域?qū)Φ某霈F(xiàn)頻率，從而無法完全預(yù)測待預(yù)測蛋白質(zhì)對的相互作用關(guān)系。
　　 為了解決這個(gè)問題，本研究基于蛋白質(zhì)間相互作用由多個(gè)結(jié)構(gòu)域聯(lián)合作用導(dǎo)致的假設(shè)，提出了一種預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用的新方法。該方法基于結(jié)

2、構(gòu)域組合對序列的氨基酸理化性質(zhì)建立序列特征向量，并使用支持向量機(jī)對結(jié)構(gòu)域組合對間相互作用關(guān)系進(jìn)行分類預(yù)測，得到其序列特征值，同時(shí)采用統(tǒng)計(jì)分析的方法獲取其頻率特征值，最后融合上述兩種特征估計(jì)結(jié)構(gòu)域組合間發(fā)生相互作用的可能性，并以此預(yù)測蛋白質(zhì)間相互作用關(guān)系。
　　 經(jīng)過實(shí)驗(yàn)測試，該方法對于酵母蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系的預(yù)測敏感度與預(yù)測專一性分別達(dá)到70%和62.8%。此外，對于所含結(jié)構(gòu)域組合對具有顯著統(tǒng)計(jì)特征的蛋白質(zhì)對，該方法的預(yù)測敏感度