ATP與蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè).pdf

1、隨著對(duì)蛋白質(zhì)的不斷深入研究發(fā)現(xiàn),蛋白質(zhì)與小分子或配體結(jié)合的現(xiàn)象普遍存在,尤其蛋白質(zhì)與能量分子的結(jié)合更是廣泛存在與各種生命現(xiàn)象中,因此研究蛋白質(zhì)與配體結(jié)合的特性和規(guī)律是十分必要的。本文基于從蛋白質(zhì)與ATP結(jié)合的氨基酸序列出發(fā),采用了前人整理的數(shù)據(jù)庫(kù),并對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析提取出序列特征信息。選取恰當(dāng)?shù)奶卣鲄?shù),用不同的分類(lèi)算法對(duì)ATP結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行識(shí)別,最后得到較好的預(yù)測(cè)結(jié)果。
　　本文共分為三個(gè)部分:
　　第一部分是對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)的

2、介紹和特征分析。本文選用的是經(jīng)Dr.G.P.S.Raghava整理和使用過(guò)的168條非冗余的ATP與蛋白質(zhì)結(jié)合氨基酸序列。在這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中以小寫(xiě)字母表示ATP與蛋白質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)。本文是對(duì)具體位置的預(yù)測(cè)因此需要把序列截成片段。因?yàn)閷?duì)位點(diǎn)的預(yù)測(cè)是個(gè)二分類(lèi)問(wèn)題,以長(zhǎng)度為11的片段為例:本文將片段的中心位置是結(jié)合位點(diǎn)的片段作為數(shù)據(jù)的正集,其他片段作為負(fù)集。本文共選取了從5到23的10個(gè)不同長(zhǎng)度片段。在特征分析方面,本文將片段的氨基酸組分、位點(diǎn)氨基

3、酸組分、緊鄰二聯(lián)體組分、氨基酸的物化性這些參數(shù)進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析和比較。
　　第二部分是理論方法。本文選用了多樣性增量方法(ID)和支持向量機(jī)方法(SVM),多樣性增量方法的好處是不需要學(xué)習(xí)和記憶,最重要的問(wèn)題就是參數(shù)的選取。而支持向量機(jī)方法需要學(xué)習(xí)和記憶但卻很適合對(duì)小樣本進(jìn)行分類(lèi),且分類(lèi)效果很好。
　　第三部分是對(duì)ATP與蛋白質(zhì)結(jié)合的位置進(jìn)行預(yù)測(cè)。首先用ID方法選取片段的氨基酸組分和片段緊鄰二聯(lián)體組分作為參數(shù)預(yù)測(cè),結(jié)果表明用I